Van december 2001 tot 2004 is de sterk in verval geraakte Pyramide opnieuw hersteld. Het vrijwel aan het oog onttrokken monument en de directe omgeving werden vrij gemaakt van bomen en struiken. De droge gracht werd hersteld en een buitencirkel van rode beuken ging de omtrek van dit open gebied markeren.
De Pyramide zelf werd met graszoden gereconstrueerd naar het oorspronkelijke trapprofiel met basement en hellingbanen. Er werd een nieuwe trap geplaatst en de vier gedenkstenen, die ooit aan de voet van de Pyramide de grote daden van Napoleon en zijn leger verheerlijkten, werden opnieuw vervaardigd met een inscriptie van de originele Franse teksten.
Dit alles gebeurde op initiatief van de provincie Utrecht, landgoed Den Treek-Henschoten en de gemeente Woudenberg. Samen met het Prins Bernhard Cultuurfonds en de Rijksoverheid brachten zij de nodige gelden bij elkaar. Speciaal voor dit doel werd de stichting Pyramide van Austerlitz opgericht. Eind 2004 bleek dat het trapprofiel van graszoden ernstig te lijden had van de regen; scheuren en kleine verschuivingen waren daarvan het gevolg. De opening, die in september 2004 op grootse wijze zou plaatsvinden, ging niet door.
Na onderzoek door het ingenieursbureau Oranjewoud werd besloten de restauratie niet over te doen maar de hellingen te herstellen. Geaccepteerd werd dat de Pyramide een ´levend´ monument was en dat er altijd aan gewerkt zou moeten worden om de strakke hellingen in stand te houden.
Voor het herstel stelde de provincie Utrecht € 1,2 miljoen beschikbaar. Op 12 oktober 2007 ging de nieuwe restauratie van start.
Deze hield het herstel in van de hellingen en het verstevigen van de grastreden, het plaatsen van een nieuwe trap en bordes en de renovatie van het koetshuis langs de provinciale weg N224. In dit koetshuis is het Bezoekerscentrum ‘De Franse Tijd’ ondergebracht.
Helaas werd de Pyramide eind 2011 en begin 2012 getroffen door hevig noodweer. De zware regenval heeft ertoe geleid dat het monument het aan de noord-west kant zwaar te verduren heeft gehad. De Pyramide is aan deze kant zo verzadigd geraakt door het vele water dat er een verzakking en scheuren zijn ontstaan. In mei 2012 is gestart met de herstel-werkzaamheden. Hiervoor zijn speciale palen gebruikt die uit Afrika moesten komen. Er worden palen toegepast van het houtsoort Cloeziana FSC pure, met duurzaamheidsklasse 1. De palen zijn circa 5 meter lang, kaarsrecht en gelijkmatig van diameter. Dat is belangrijk omdat de palen in een diep, recht boorgat moeten komen. In totaal werden er voor de oost- en westzijde 160 palen met een lengte van 4 meter gebruikt en 250 palen van 5 meter lang.
Eind 2012 is er een nieuw trapbordes aan de voet van de Pyramide geplaatst.